此时，混合液溶解氧含量正常，活性污泥性能较好、净化功能强时，出现的原生动物主要是固着型纤毛虫，如钟虫属、累枝虫属、盖虫属、聚缩虫属等，一般以钟虫属居多。这类纤毛虫以体柄分泌的黏液固着在污泥絮体上，它们的出现说明污泥凝聚沉淀。此时镜检还能发现轮虫等以细菌为食的后生动物；

即活性污泥培养的初期，活性污泥的菌胶团性能和状态尚未形成的时候，有机负荷率相对较高而DO含量较低，此时混合液中存在大量游离细菌，也就会出现大量的游泳型纤毛虫类原生动物，比如豆形虫、肾形虫、草履虫等；

混合液溶解氧不足时，可能出现的原生动物较少，主要是适应缺氧环境的扭头虫。

这是一种体形较大的纤毛虫，体长40-300μm，主要以细菌为食，适应中等污染程度的水域。因此镜检时一旦发现原生动物以扭头虫居多，说明曝气池内已出现厌氧反应，需要及时降低进水负荷和加大曝气量等有效措施；

混合液曝气过度或采用延时曝气工艺时，活性污泥因氧化过度使其凝聚沉降性能变差，呈细分散状，各种变形虫和轮虫会成为优势菌种；

活性污泥分散解体时，出水变得很浑浊，这时候出现的原生动物主要是小变形虫，如辐射变形虫等。这些原生动物体形微小、构造简单，以细菌为食、行动迟缓。如果发现有大量这样的原生动物出现，就应当立即减少回流污泥量和曝气量；

进水浓度极低时，会出现大量的游仆虫属、轮虫属等原生动物；

原生动物对外界环境的变化影响的敏感性高于细菌，冲击负荷和有毒物质进人时，作为活性污泥中敏感性最高的原生动物——盾纤虫的数量就会急剧减少；

活性污泥性能不好时，会出现鞭毛虫类原生动物，一般只有波豆虫属和屋滴虫属出现，当活性污泥状态极端恶化时，原生动物和后生动物都会消失；

在活性污泥状况逐渐恢复时，会出现漫游虫属、斜管虫属、尖毛虫属等级慢游动或匍匐前进的原生动物，和曝气池启动阶段的原生动物种类相似。